Я думаю, что проблема слегка "раздута". Есть масса вариантов всяких БД и систем хранения информации (данных) SQL базы, NoSQL базы, БД не требующие сервера (например, SQLite-3, поддержка которого встроена в PHP 5.3+).

Если продолжать "раздувать" этот вопрос, то стоит так же вспомнить, что некоторые файловые системы нуждаются в дефрагментации, т.к. запись данных может идти не только по такому же принципу как на компакт-диск (в конец), а в то место, в котором в данный момент находится головка.

К тому же, не стоит забывать о размере кластера на HDD... Файл размером 1 байт будет занимать на диске 1 кластер (а не 1 байт) [это действительно для NTFS и некоторых других ФС].

Давайте как-нибудь уточним вопрос что ли, а тут прямо какой-то холи-вар наметился   

Вопрос можно поставить например так:
"Я не умею работать с БД, стоит ли мне заморачиваться с ней, если всё прекрасно работает на файлах?" - думаю нет!

или

"У меня бесплатный хостинг PHP, что без БД. Стоит ли поискать другой или использовать файлы?" - думаю, можно использовать файлы...

или

"Я не могу установить БД на сервер, т.к. *** (придумать самостоятельно) - подойдут ли файлы для хранения таких-то данных?" - подойдут.

Я думаю, что БД стоит использовать в любом случае. БД - это как "колесо"! Изобрели очень давно, а пользуются все до сих пор, и не пытаются изобрести ему какую-то замену.

Если вопрос стоит в исключительной производительности - я думаю стоит начинать решать его НЕ с выбора между БД/Файлы.

К тому же, если бы вопрос был типа "У меня есть конфиг в формате XML с 1000 параметров. Стоит ли использовать вместо него БД?" - тут БД использовать я думаю не стоит (я бы не стал). Но когда речь заходит о том, сделать ли на жестком диске помойку или использовать вместо этого общепризнанное, централизованное хранилище данных, в роли которого выступает БД? По моему ответ очевиден!

P.S. Чем-то мне всё это напоминает вопрос о том, "что лучше ООП или процедурное программирование?"... Причём этот вопрос мне задавал человек, который никак не мог понять, что же такое ООП и все его прелести, не смотря на солидный стаж работы программистом (не было в его времена такого понятия, как ООП). Он мне тоже очень долго доказывал, что процедурное программирование - это очень хорошо и намного быстрее (готовые программы работают быстрее и жрут меньше памяти) чем программы написанные с применением ООП.

даже проще... на чём лучше шаблон делать, на <table> или на <div>.. Да на чём угодно. Вот только настоящее назначение у каждого своё, и лучше чтобы каждый занимался своим делом