Есть такой класс


Фильтры включаются в коде так:


А как сделать то же самое, но не в коде, а через Spring?
P. S. используется Hibernate EntityManager

Привет. Чего вообще надо-то?
Смысл фильтров заключается в том, что ты их включаешь и выключаешь в зависимости от контекста выполнения. 
В лоб могу предложить механизм "интерцептинга", который в Spring реализуется через AOP. Можно с помощью org.springframework.aop.framework.ProxyFactoryBean, а можно через @Aspect
Твоя задача реализовать логику включения того или иного фильтра с помощью такого интерцептора, в конфиге которого передавать имя фильтра и значение из контекста выполнения. 
А потом поцепить его на те методы бизнес-логики, перед которыми ты хотел бы включать hiberante фильтры

Поясню.
Я про то, что фильтры мне надо установить не в коде, а в xml (не описать фильтры, а именно включить для сессии)
Например

Но проблема в том, что используется EntityManager

и вот куда в таком случае вставить эти filterDefinitions?

Вроде вот здесь задается такой же вопрос, но решение мне как-то непонятно ссылка