Здравствуйте! 
Я недавно решил поробовать поработать в убунте, поэтому мои познания к сожалению, пока очень скромны. Я решил сделать так, чтобы при двойном клике на perl скрипт в наутилусе выскакивало окно терминала и запускался перл скрипт на выполнение. Благодаря другим людям, я выяснил, что в этом мне поможет команда gnome-terminal -e "perl %F".
Скрипт, действительно запускается, только возникла проблема: не создается файл. Вот пример тестового скрипта:


Если я запускаю терминал и ввожу команду perl script.pl, то все нормально. 
Что я делаю неправильно?

А если путь к файлу указать абсолютным?

все ок. Я понял проблема в окружении, файл создается в /home/user/