Развернул сайт на joomla.
Написал на html+php страничку, эта страничка вызывается через прямую ссылку.

Единственный минус дизайна на этой странице никакого нет, как можно применить общий дизайн сайта к этой странице.
Не ужто переписывать эту страницу как плагин для joomla ?

У Joomla свой метод построения страниц.
Конечно, все зависит от того, какой функционал возложен на php часть страницы. Мне сложно представить, что именно нельзя реализовать в такой большой (и может даже местами громоздкой) системе как Joomla

Для вставки в контентную часть php скрипта (да и других) следует использовать модули. Подробнее читай тут http://ext.joom.ru/custom-code.html

P.S. Если же пхп скрипт работает с базой, то следует пользоваться API Joomla - http://api.joomla.org/