Здравствуйте. Подскажите пожалуйста, как компилировать в cgi? Какие настройки ставить, на каком компиляторе? Я пользуюсь Borland C++ 3.1. 

ТС, рекомендую для начала прочитать http://en.wikipedia.org/wiki/Common_Gateway_Interface, а ещё лучше http://tools.ietf.org/html/rfc3875
Дело в том, что любой бинарный файл по сути уже является cgi, если он умеет принимать на stdin и отдавать на stdout данные.
Если вы правильно настроили web server, то положите любой бинарник, например ping.exe в папку cgi-bin и обратитесь к нему из браузера по адресу http://localhost/cgi-bin/ping.exe

Но лучше всего — опишите свою задачу целиком.
Дело в том, что время чистых cgi не то, чтобы совсем ушло, но осталось в очень узких рамках там, где это жизненно необходимо.
Пишите свои веб-приложения на более высокоуровневых языках (php, python, ruby).

cgi - обычное приложение, читает stdin и пишет в stdout
самое начало например вот тут