Добрый день.
Может кто знает как запустить скрипт по крону, если скрипт запоролен? То есть как прописать в кроне пароль, если конечно это возможно. Заранее благодарен.  

Если скрипт собственный и надо оградить его от выполения посторонними, то можно:

1. Проверять ip (сложнее подделать) и Referer с которых пришёл запрос.
2. Через $_GET получать пароль.
3. Запретить в скрипте выполнение, кроме определённого cron'ом времени.

Совет для запросов утилитой wget извне. При внутреннем обращении можно ограничиться, например, установкой прав, под которыми запущен cron.

Спасибо за советы, думаю через $_GET можно попробовать.