Объект имеет поля - текстовые и числовые..
А так же массив ссылок на такие же объекты

(количество элементов массива может быть различным от 1 до 15)

и таких объектов примерно 200 тыс..

Подскажите как их в MySQL сохранять (а потом снова загружать в память)
Или может быть какой другой способ хранения и загрузки посоветуете?

Вот что внутри объекта:
пусть он будет называться Object1

и таких объектов несколько сот тысяч..
их необходимо периодически сохранять на жесткий диск..
1) Во время выполнении программы, количество объектов пополняется и через определенный промежуток времени всю структуру нужно сохранить..
2) в другой программе эти объекты планируется загружать в память и работать с ними (поиск, сортировки и т.д.)
__
я пробовал сохранять их просто классами через сериализацию

но сохранение долгое и спустя время почему то выдает ошибку переполнения стека...

Сериализуйте это дело в какой-нибудь json

Для сериализации, по моим экспериментам, самым быстрым способом был Google Protobuf. Но я не сравнивал скорость с прямой записью в базу.

Что же до оптимизации, то можно предложить делать сохранение в фоновом thread-пуле, если это архитектурно возможно.

В СУБД HSQLdb есть 2 интересных типа данных: первый может хранить сериализуемые Java объекты (тыц), а второй содержать массивы элементов (тыц).
Но данные массивы не могут хранить LOB'ы.
Посмотрите, может быть это вам подойдет.