Здравтсвуйте, хочу спросить следующее:
как организовать правильно рабочее пространство жёстких дисков на сервере?
Имееться 2 жестких диска по 2 Тб каждый. Планируеться их соединить в Raid-массив (пока не делал, не знаю как), содержимое жестких дисков будет операционная система само собой и файлы.
Обычно на виндоус я делал всегда так: делил жесткий диск на 2 диска (С, D) , С 30-40 гигов под программы и ОС, диск D под остальное. Если система начинала глючить я спокойно переустанавливал ОС на диск С, диск D соответственно оставался не тронутым и это меня все удовлетворяло. 
 Теперь размах стал больше. Нужно соединить 4 ТБ вместе и выделить место под ОС, как это лучше сделать. Будет ли сервер работать и видить нормально файлы если сделать так же 2 диска, наодном поставить систему, допустим 10 Гб, а остальное на другом 3.9 Тб (тут будут лежать осн. файлы). И при глюке системы, чтоб мог спокойно отладить/переустановить ОС. ОС планируеться Линукс Дебиан.

Есть какие нибудь мысли, посоветуйте пожалуйста.

В случае сбоя системы, ОС вы переустановить сможете. А в случае сбоя диска данные в нулевом рейде потеряете. Если требования по месту позволяют, лучше сделайте raid-1
Ну и опять же - сбой системы менее вероятен, чем сбой железа.

пришел пока к выводу следующему:
1. отдельный SSD 60 гб под ОС Linux Debian
2. винт WD-green 2 тб под осн. файлы
3. еще один винт для зеркалирования.

не хочу сказать что это идеальный вариант, попробую пока так, а там с практикой видно будет, если что потом дополню тут ответы.