Знаю. что в последних версиях он уже поставляется в ПХП, но все же на хостинге - при попытке использования PEAR, выводится, что не pear.php - не найдено.
Как решение, я могу могу загрузиться pear.php в эту же самую папку, где лежит скрипт, тогда по идее должно работать, но мне не нравится структура тогда.

Если загружать в папку /pear, то надо править очень много файлов и в них переписывать пути.

Другой выход есть?

include_path в нее установи путь к папке pear.