Они похожи или нет? И в чём их разница?

В чем то все языки похожи (почти во всех есть if, for ...)
Насколько я помню прообразом Perl был действительно Shell.

Начнем с того что ты не сказал какой шелл ты имеешь ввиду. Существуе довольно немаленькое количество shell под nix системы (надеюсь ты не Windows shell имелл ввиду )
Так вот, есть sh,tsh,csh,bash etc.
Далее, что такое shell? Это по сути программа которая работает посредником между пользователем и системой, т.е. позволяет тебе управлять процессами, файлами, запускать другие программы и т.п. при помощи ограниченного набора команд (cd - сменить каталог, ls - показать содержимое текущего каталога и т.п.). Для упрощения (или точнее оптимизации) работы существует такая штука как shell scripts. Это встроенный в тот или иной shell макроязык (или скриптовый язык) который позволяет объединять комманды в группы, делать ветвления и/или циклы и т.п. Поподробнее ты можешь почитать набрав man bash или поискав описание shell script в инете (к примеру на http://emanual.ru/download/208.html)
Что же касается perl то это самостоятльный язык программирования, портированный на множество платформ. Это скриптовый язык, но возможностей у него намного больше чем у shell script.

Рекомендую попробовать написать что-нибудь на перле чтоб перестать его сравнивать с shell