У меня есть два окна, созданных при помощи глут.
Во втором окне есть кнопка, которая закрывает это самое окно. Как его закрыть??. Пробовал glutDestroyWindow(1); Но ничего не происходит. Подскажите как это сделать.

Скажем просто RTFM http://opengl.org/resources/libraries/glut.html

Код

int glutCreateWindow(char *name); /** * The value returned is a unique small integer identifier for the window.  * The range of allocated identifiers starts at one. This window  * identifier can be used when calling  glutSetWindow. */

ИМХО когда создаешь окно, то имет смысл делать так.....

Код

int winNumber = glutCreateWindow("some window"); //и уже... далее glutDestroyWindow(winName);

Попробуй средствами винды. Т.е. получи дескриптор окна glut, а затем WinAPI функцией уничтож это самое окно. Этот метод надежней всего. На самом деле окна glut обладают плохой спецификой, если их закрыть не через гл, то они оставляют после себя мусор в памяти. Мда... это даже в доке сказано, а обидно.