самое простое - это удалить строки

ShowWindow(hWnd, nCmdShow);
UpdateWindow(hWnd);

Но как не делая этого убрать прогу из панели Пуск, ну или засунуть в трэй
А лучьше всё сразу

Насчет трэя :
используй
BOOL Shell_NotifyIcon(DWORDб PNOTIFYICONDATA);

А насчет лишнего, советую посмотреть в MSDN по
"Message-Only Windows".