Проблема в следующем. Мне необходимо сделать так, чтобы при запуске ЛЮБОГО скрипта на моем сайте (на PHP), Apache автоматически перед этим запускал скрипт, который я ему укажу в настройках. Знаю, что это можно сделать с помощью .htaccess, но что в нем писать понятия не имею. Помогите.

А может Cron поможет =/

cron тут ничем не поможет. Если в php.ini прописать переменную
auto_prepend_file=your_script.php
то он будет выполнятся перед каждым запуском любого твоего php-скрипта.