Я начал работать с Eclipse, вроде ничего IDE. Как я понял ее функциональность увеличивается, если прикрутить пару plug-in. Чем отличается WTP от MyEclipse и что лучше? 

Grelloo, даже беглый взгляд на список фич показывает различия. 
Может, лучше подойти с другого конца и объявить список возможностей, для которых нужны плагины?
Я, например, ставил MyEclipse из-за поддержки UML. 
 

myeclipse - это компиляция собственных или переделанных и доведенных open-source плагинов предназначенная для разработки приложений и решений на различных технологиях, как по стандартам, так и нет

wtp - предназначена в основном для разработки и отладки стандартных компонент платформы j2ee и является по сути веткой аналогичных средств rational application developer для generic серверов. 

так что зависит от того, что тебе надо. для j2ee я использую RAD (когда надо ejb 2.1 делать) или eclipse wtp + jboss ide - мне удобно и достаточно. без некоторого навыка обращения с wtp он может показаться глючным и непонятным.