Как увеличить скорость работы NetBeans в Linux(Ubuntu 9.10)?
Да я знаю что нужно устанавливать версию з минимальною количеством плагинов.

1) Купить нормальное железо. (хотя бы 2 ядра проц, 2 гига оперативы).
2) Поиграться с опциями виртуальной машины. 
3) Отключить неиспользуемые плагины.

Сначала скажите, что тормозит. Скорее всего - это чисто субъективное восприятие. У мня на старенькой машине нормально работал и под 9.10.

Добавлю пожалуй. Позакрывать не используемые сейчас большие проекты.

Еще можно попробовать загнать Netbeans в Ramdisk. Вот здесь как раз автор это делает Netbens Ramdisk on Ubuntu
там же и скрипты для бекапа, когда система выключается и монтирования с копированием , когда система стартует.
Но есть риск потери данных с ramdisk ,если пропадет электричкество автор советует по крону бэкапить или же приобрести источник бесперебойного питания, для нормального завершения(скрипт бэкапа и отключение системы).


Еще можно проекты размещать дополнительно в отдельных папках, а не в одной Netbeaтs_Projects или как там у вас, при таком подходе при открытии проекта и изменениях сканирование будем быстрее - будет сканироваться только эта папка.

Попробуйте в первую очередь поменять LAF с гномовского на Nimbus.
Есть вероятность что визуальные тормоза в первую очередь из-за Look and Feel.
У меня была эта проблема, хотя Netbeans все равно слишком тяжел.

Можно даже Metal попробовать.

Как выделить больше ОП для NetBeans ?

Открываем {NetBeans_home}/etc/netbeans.conf. Находи там строку вида

Может немного отличаться в зависимости от версии.
Управление выделением памяти осуществляется подкручиванием параметров -J-Xmx (максимальный размер кучи) и -J-Xms (начальный размер кучи). В NetBeans версий 6.х параметр -J-Xmx определяется автоматически. Тем не менее, если вы допишете его в эту строку, будет использоваться указанное вами значение. 

На тему повышения производительности советую почитать тут