Есть пхп скрипт который лезет в базу данных. Может вызываться довольно часто, до 10 раз в секунду.
После какого-то времени в апаче остаются висеть некоторые из этих запросов. Смотрю через /server-status и вижу допустим запрос у которого SS=98859 (SS    Seconds since beginning of most recent request)

Все таймауты и время выполнения скриптов в конфигах пхп и апача проставил. Что может быть еще? Буду рад любым идеям.

Сервер: Windows Server 2003 R2 Enterprise Edition SP2, Apache 2.2.4, PHP 5.3.1

А что вас собственно удивляет. Child процессы остаются, даже когда нет запросов от клиента. SS говорит вам сколько времени прошло с последнего запроса. Сам апач ест много памяти и нерационально использует ресурсы. Если у вас сервер под вин, то почему не выбрали IIS?