Сервер стоит под FreeBSD, для сканирования и передачи сообщений клиентам используются потоки. Так вот, вроде бы все работает нормально, но через недельку сервер разрастается, хотя я уже специально делаю везде destroy, в котором все ссылки обнуляю, да еще и сборку мусора вызываю. И еще попутный вопрос. Вот методы Thread.destroy, Thread.finallize помечены как depricated, тогда мне надо обходится тем, что обнулять ссылки и закрывать сокеты? Или все-таки как то можно еще подготавливать тред к уничтожению? 

Вообще в литературе пишут, что достаточно присвоить обекту значение null. 
Самому с непривычки (после С++) было не по себе, но потом вроде ничего.
Скорее всего где то сохраняется ссылка на объект.
Посмотри последовательнось закрытия сокета и присвоения нуля объекту.
Можешь сделать киляние объекта по timeout.
Был чужой корявый апплет он запускал ping  и обновление удаленной девайсены, соотвественно были незакрытые коннекции.
Код был корявый и разбираться очень не хотелось, вот такая штука мне помогла.


Самое результативное было бы скомпилить сервак с ключем -d и запустить под присмотром DDD (если есть такая возможность).
Ну а так можешь вести log на жизненый цикл объектов.
 

Тред сам будет уничтожен, когда когда завершиться выполнение его метода run().