Задача: Необходимо ограничивать время сессии для каждого, работающего на сайте пользователя, причем сессия должна автоматически продлеваться, если пользователь проявляет какую-либо активность (переходит с одной странички на другую). 
Раньше я делал это таким образом: 

/* Первый раз в куки переменная с именем 'username'
 * заносится сразу после авторизации
 */
/* Продлеваем сессию */
if(isset($_COOKIE['username'])) {
    setcookie ("username", $_POST['username'], time()+3600);
}

Учитывая, что этот кусок кода используется для того, чтоб понять авторизован пользователь или нет мне кажется, здесь есть серьезный риск для безопасности.

Вопрос: Как грамотно решается задача продления и сессии? 
 

Ты сам ответил на свой вопрос: http://ru.php.net/session