Вопрос в общем виде, на что надо сделать упор при написании как можно безопасного веб-приложения работающего с БД(естественно чтоб не смогли добраться до данных и что-нить там помудрить)   

хм... под безопасностью приложения может пониматься несколько уровней безопасности: например безопасность на уровне jdbc, безопасность на уровне http, безопасность на уровне самого приложения (аутентификация и авторизация), в принцепе все важно, что именно интересует, например можно сделать такую замудренную авторизацию, и в тоже время, весь трафик между БД и приложением можно спокойно сниферить, или вообще напримую лазить в БД,
Bulat, определись с уровнями безопасности в своем приложении, ты тогда сам определиш что для тебя более важнее 

jsa, скорее всего на уровне http.  
Безопасность на уровне jdbc меня учтраивает, а делать замудреную авторизацию.......... 

Bulat, тогда тебе прямая дорога к https