Как известно данные из форм нельзя вносить в базу данных без скажем addslashes, иначе это будет лазейкой для тех, кто захочет получить данные из БД или просто еее удалить. При разрастании проекта количество форм возрастает при этом растет вероятность того, что где-то будет случайно  пропущено addslashes.  Отловить такую ошибку также становится сложно, потому что нужно тщательно проверить множество файлов. Можно ли каким-то образом решить эту проблему? С помощью возможно каких-то автоматических систем поиска таких слабых мест, либо с помощью методов проектирования (не очень представляю как это сделать на PHP) локализовать эту проблему в одно место проекта? Интересно услышать советы профессионалов.

TNT86, для того, чтобы не править в тысяче мест тебе стоит рассмотреть возможность создания дополнительного класса, который будет обеспечивать фильтрацию записываемых/считываемых данных. Данный вопрос должен рассматриваться при проектировании проекта, а не на стадии его написания, потому как введение такого фильтра не будет самодостаточным решением, если архитектура системы не позволяет его подключить в одном месте - тебе придется по-любому переписывать критические участки кода.
  Чтобы исправить уже существующие некорректно записанные данные - ответ в твоем вопросе - поиск таких мест и корректировка. Стоит написать отдельный класс для записи/чтения данных БД, который так же будет работать с соответствующим фильтром при чтении (и, возможно, записи).
  Но прежде всего - это твоя внимательность к подобным вещам и тщательное планирование архитектуры работы твоей системы, потому как насколько бы не была хороша идея, код пишет человек.