У меня два диска С:, D:
  MySQL поставил на C: в папку C:\mysql

  Хочу чтобы база данных находилась не в c:\mysql\data, а в d:\data
  Как это сделать?

Добавил следующий параметр в my.ini в секцию [mysqld]

[mysqld]
datadir=d:\data

Вроде работает, это правильное решение?

Да, абсолютно правильное. Только учитывайте, что datadir - это не только базы и таблички. Но по умолчанию и бинарные и релай логи, информационные файлики механизма репликации и т.д. 
Вопросы по физическому распределению базы, конечно, проще решать в юниксе с помощью симлинков.

да и в "виндовой" NTFS имеются junction и hard link