При открытии MDI приложения(MFC), автоматически создается новый документ. Как сделать так, чтобы он сам несоздавался?

Для того, чтобы не создавался документ нужно не создавать соответствующий шаблон. В InitInstance твоего App нужно избавиться от строк создания шаблона
/* CMultiDocTemplate* pDocTemplate;
pDocTemplate = new CMultiDocTemplate(
IDR_PROTYPE,
RUNTIME_CLASS(CProDoc),
RUNTIME_CLASS(CChildFrame),
RUNTIME_CLASS(CProView));
AddDocTemplate(pDocTemplate); */
как видно, я их закаментировал.
Но если мы не создали шаблон, то документ не будет создоваться при попытке File->New, File->Open и т.д.
Поэтому перед первой попыткой создания или открытия документа следует вставить выше указанный код. Для правильности можно создать флажок равный TRUE:

void CTestApp::OnFileOpen()
{
if(m_bCreatingTemplateFlag)
CreateTemplate();
CWinApp::OnFileOpen();
}

void CTestApp::CreateTemplate()
{
CMultiDocTemplate* pDocTemplate;
pDocTemplate = new CMultiDocTemplate ( IDR_PROTYPE,
RUNTIME_CLASS(CProDoc),
RUNTIME_CLASS(CChildFrame),
RUNTIME_CLASS(CProView));
AddDocTemplate(pDocTemplate);
m_bCreatingTemplateFlag = FALSE;
}