Я в основном потоке создаю фрейм и мне нужно приостановить исполнения основного потока до тех пор, пока не не закроется этот фрейм. Чувствую, что нужно создавать этот фрейм в новом потоке, вот только как это правильно реализовать?  

Опишите подробнее зачем нужно останавливать основной поток. Поскольку есть подозрение, что этого можно избежать.   

Идея такая: сначала запускается форма для логина, если пользователь ввел правильные даные, то запускается главное окно программы (если нет то приложение завершает работу). Если я вставлю код запуска главной формы сразу после запуска логина, то она и запустится сразу же. Может можно и не приостанавливать главный поток, я в джаве пока еще новичок, так что жду советовв и предложений   

чтото ничего непонял, если я правильно понял, то ты можеш содвть например JDialog и показать на нем панель с едитбоксами например для логина, и если пользователь ввел правильные данный показать на этом JDialog саму прогу, а если неправильно сделай System.exit(0).  Или можно убивать диалог логина lognDialog.dispose(); и показывать другой, или не опказывать, или ещё какнить сделать, способов много.

Я не использую JDialog. Только JFrame и хотелось бы них и сделать. 

Не понял почему должна сразу же запуститься форма?

Мне же нужно, чтобы MainWindow window = new MainWindow(); исполнился только ПОСЛЕ закрытия формы с логином. 

Помести код:

В обработчик события закрытия MyFrame. Т.е. создавай новый MainWindow после того как будет закрыто MyFrame, и убедишься, что все данные были введены верно.

Повторюсь, вопрос был как остановить выполнение потока до закрытия формы. Если это сделать невозможно, то так и скажите. 

Это сделать можно, но как тебе многие намекают, это не лучшее решение. 
В идеале нужно использовать JDialog или делегировать создание MainWindow MyFrame-у, но раз уж ты этого делать не хочешь, то тебе придется извращаться   

1) Останавливать поток циклом с задержкой, после того как отобразишь фрейм:


2) Нужно сделать так, что бы при закрытии фрейма флаг flag, принял значение false. А для этого, фрейм должен иметь ссылку на объект, из которого он был запущен. А этот объект в свою очередь должен предоставить метод для изменения значения флага. Фрейм сможет им воспользоваться прямо перед своим закрытием.

Опять же, лучше сделать как советовали постами выше.

ОК, это твои собственные грабли   
Многопоточное программирование