Есть массив объектов, которые нельзя сравнить между собой напрямую (то есть нет зависимости A < B < C < D). Знаем только некоторые зависимости... Для понимания приведу конкретный пример:
Есть много перекрывающихся окон, о некоторых мы знаем, что одно перекрывает другое, а некоторые не перекрывают друг друга. Но нужно получить правильный список. Как это быстрее всего сделать?

Кстати, список может меняться - можно удалить один объект, добавить, переместить объект (могут нарушиться условия, связанные с этим объектом,).

Топологическая сортировка графа

Да, но проблема в том, что список может меняться, и может состоять из 100 элементов (для мобилок это критично), и хранить это в виде графа немного сложновато... Двигаем, например, один объект, и для 10 элементов эти связи меняются (пусть их будет где-то 500)

Тогда просто хранить упорядоченный список, и пробегать по нему каждый раз, когда что-то меняется. 100 операций - это и для мобилки мало.