Такая проблемка:
в приложении в папкке Res будут хранится несколько папок (в каждой из которых индивидуальный набор файлов). Нужно дабы на старте мидлет сканировал наличие папок, если их больше 1 выдавал форму с выбором нужной (соответственно после выбора загружаются нужные данный).. Как мне просканировать папку Res/ икак узнать что имена и к-во папок? 

Уже обсуждалось, как получить список файлов внутри jar, можно и к папкам применить ресурс-файл.
click me

при сборке мидлета делать ресурсный файлик типа txt, и при старте его считывать и распарсивать. Далее, на основании полученных, во время распарсивания, результатов, выдавать ту или иную форму.
для директории применить специальный префикс dir_NAME
Рекурсивно обходя Res делаем список файлов