Для разделения описания класса на несколько файлов используется КС partial. Можно создать папку и поместить туда несколько файлов, каждый из которых описывает некоторые методы и поля одного и того же класса.
Есть и другой вариант. Так, как это делает дизайнер форм при генерации кода для формы. А именно: создаёт главный файл (не папку), который содержит описание части полей и методов формы (в частности, события формы). Далее создаёт ещё два подчинённых файла (MainForm.Designer.cs и MainForm.res). Здесь интерес представляют главный файл MainForm.cs и подчинённый ему mainForm.Designer.cs, которые вместе образуют иерархию, аналогичную папке с содержащимся в ней файлом. Преимущество такой организации файлов, описывающих класс имеет преимущество в том плане, что в главном файле (теперь абстрагируемся от форм) можно разместить описание общих (неспецифичных) методов и полей, а в подчинённых - имеющих какую-либо специфику...
В первом же случае (папка с подчинёнными файлами) пришлось бы файл с общими методами и полями (который находился бы на одном уровне с файлами со специфичными методами и полями) как-то обзывать, скажем genenal чего-то или main чего-то... Во многих случаях это неудобно...

Вопрос: как реализовать второй вариант организации иерархии ?

Ключевое слово partial не имеет никакого отношения к тому, как студия показывает файлы - один под другим или рядом. Эта организация используется также для файлов ресурсов и т.п.

Непосредственно - нет. Но в данном контексте я использую partial совместно с созданием корневой папки именно для организации такой иерархии...

dsi...