Существует проблема - при скачке файлов через download-manager канал практически полностью забивается этими приложеними и нормально "просто" серфить по интернету становится очень проблематично. Особенно это касается когда на канале сидит несколько пользователей. Нет ли каких-либо программ которые бы позволяли распределять приоритеты для разных приложений - ну например для http высокий приоритет, для bittorent низкий. То есть если в по инету никто не лазит, чтоб весь канал отдавался качалке, иначе пусть качалке отдаётся низкая скорость в пользу веб-траффика. Ну или разным пользователям давать разный приоритет - это если использовать прокси.
Вариант чтобы просто ограничивать качалку (он реализован во множестве прокси-серверов) не подходит - жаль чтобы канал простаивал, когда никто в интернете не сидит.
Да и вариант - просто ограничивать число потоков в качалке тоже не проходит - не всем объяснишь.

Существуют ли программы которые позволяют изменять приоритет скорости?

Покопайтесь в гугле в поисках заветного QoS.