Здравствуйте.

Задался вопросом нумерации версий. Нашёл одну схему, основанную на "Berkeley CSRG с дополнениями из проекта GNU".

Какие ещё есть схемы нумерации версий? Можете описать их плюсы и минусы?

Вот пара ресурсов по нумерации версий:
http://en.wikipedia.org/wiki/Software_versioning - основы 
http://pear.php.net/group/docs/20040226-vn.php - нумерация версий в PEAR

Я обычно не очень этим запариваюсь.
Весь процесс делю на чекпоинты. При достижении очередного чекпоинта увеличивается минорный номер. Проект имеет пометку dev
Как только достигается заявленный функционал и начинается бета-тестирование - пометка dev убирается, увеличивается мажорный номер, минорный  обнуляется и появляется пометка RC. Номера RC увеличиваются в процессе тестирования (на практике крайне редко доходит до трех. Обычно RC1, гораздо реже добавляется RC2)
Как только система проходит все тесты и достигает заявленного функционала - то релиз. 
Можно писать ТЗ на дальнейшее расширение функциональности и начинать все заново