Есть скрипт который закачивает фотки на сервер. Как сделать чтоб при загрузке иконки с раширением ico скрипт конвертировал в формат gif и сохранял бы в формате gif на серврере?

На сервере есть ImageMagick? Тогда:

Если это настоящее иконка, в одном гиф будет много кадров, потому что в одном файле иконки (как правило) больше одного изображения.

По другому только если искать компоненту/класс/еще-что-то (писать самому?), gd не умеет иконки и вряд ли будет уметь.