Скажите, что выбрать (в основном интересует получение опыта) работать фрилансером или податься на работу в компанию
Язык Java. Опыту мало. Или нет разницы?

В компанию. Срочно.
А) сомневаюсь что неопытного фрилансера возьмут и тем более уж - за хорошие деньги. Я б удалёнщика не взял бы вообще. Могу сравнивать, проходили, теперь зарёкся. 
Ну и у меня было как-то давно желание параллельно фрилансить - не так легко хорошее найти.
Б) Опыт в общении с профи-коллегами получается. Сидя дома - дока твой удел. И форумы. Но на форуме ты не сможешь человека заставить сидеть над собой и помогать в течении часа. Тем более что работает он над своим и помогать будет по желанию и свободному времени.