У меня такое дело... У меня есть ядро, которое состоит из множества классов, которое выполняет определенный функционал...Все начинает работать с обычной aspx страници в PageLoad(), и там же заканчивает, выводя простой линк.

Все пути у меня прописанны через  HttpContext.Current.Server.MapPath("..\\EPlugins"), но настали такие временя, что мне надо сделать простой EXE фаил. Я думал сделать простую консольку и все запускать из static void Main(string[] args){}, добавил туда куча проектов из ASP.NET. Все работает кроме HttpContext.Current.Server.MapPath("..\\EPlugins")...можно ли как нибуть сделать exe из ASP.NET проекта, или придется дублировать проекты, и заново прописывать пути... я надеюсь, что понятно что мне нужно.

Свойство HttpContext.Server предоставляет программный доступ к свойствам и методам класса HttpServerUtility. А класс HttpServerUtility предоставляет доступ к данным сервера asp.net. В данном случаи у тебя нет сервера и обозревателя. Следовательно и классу нет на что ссылаться.
Лучше проверяй, если HttpContext.Current != null тогда выполняй по той схеме что ты делаешь сейчас. А вот если равен null... тогда надо пойти в одел где общии вопросы по C# и узнать как преобразовывается виртуальный путь в физический... точнее есть ли стандартная функция, или надо писать свою руками(я к сожалению под консоль не пишу, и не догадываюсь о встроенной функции. Если руками писать, то по количеству "../" обрезать путь на одну директорию выше :о) ).

ясно, так и сделаю...только что бы проверить на NULL, надо будет перепахать весь код, и выловить , а там уже либо  либо просто 

LectorSP, если у тебя везде так ("\\", а не "/"), то просто везде удаляешь "HttpContext.Current.Server.MapPath".