Народ, такая вот проблема может кто сталкивался. Есть подозрения, что окошко (некий JDialog) при вызове toFront() в редких особых условиях не показывается поверх остальных окон, а только мигает в toolbar'е. Я провел несколько экспериментов и выянил, что такое возможно если искомый JDialog свернуть в тулбар (minimize) но! это лишь релультат моего эксперимета. Быть может кто-нибудь знает другой сценарий при при котором окно не показывается поверх остальных подскажите как этого добиться. 

Почему возникли подозрения. В WinAPI  есть следующий статьи SetForegroundWindow Function а также вот этот кусок Foreground and Background Windows

Есть и еще но для краткости скажу суть. Для того чтобы показать оконо поверх всех остальных и сделать его активным необходим вызов SetWindowPos , а в описании этой функции есть оговорка:



Что это за права на вызов SetForegroundWindow я не знаю но подозреваю где-то тут и зарыта свинья. В общем кто знает пролейте свет на этот вопрос.

Royan, у меня бывало на вынь 2k обычный MessageBox оказывался под рабочим окном, так что ...