Я не разберусь, какой класс вобщем за что отвечает. Например окна диалога порождаються от класса CDialog, который в свою очередь подчинен CWnd. Так или нет? А класс CWindow, типа отвечает за операции разные с окнами, а не за создание окон, так что ли?

Путаешь суп с мухами. Это классы из разных библиотек.
CWnd - это MFC, CWindow - WTL.

А что это за библиотека WTL? зачем она нужна, какие у нее функции?

WTL == Window Template Library. Это библиотека шаблонных оберток вокруг API. На мой взгляд, неплохая была задумка и реализована вполне изящно. Для "легких" приложений, где не нужен фрейворк - самое то. Но вроде не развивается больше. Хотя точно не знаю.

Earnest, развивается, толкьо пару недель назад новая версия вышла

Edik, если так интересно, то можно в поисковике набрать сравнеие  WTL и MFC . Очень много статей. Тебе будет интересно.
Скажу лишь одно от себя-WTL неплохая задумка... Но не более   

Ага, граждане, спасибо.