Собственно есть и компилятор и библиотеки, но вот есть проблема после сборки обычного Hello, world главное меню(пуск с часами) падает вниз как избежать такого?

Если приложение разрабатывается для Pocket PC, то меню расположено не на форме, а на панели задач. 
Также на панели задач находится значок виртуальной клавиатуры SIP.
если вообще удалить меню, то панель задач отображаться  не будет.

если приложение разрабатывается для Windows CE, то меню расположено сверху.