Есть файлик Util.cs в котором хранится информация для различных плагинов. На основе его стоиться dll phoenix.dll 

Каждый из плагинов строиться как отдельная dll в соответствии с актуальным состоянием Utils.

Проблема: все dll в итоге лежат в одном месте а вот phoenix только одна.

Подскажите как решить проблему ведь для каждого плагина в итоге файл phoenix должен быть как бы свой.

а в чём проблема-то? на сборку phoenix могут иметь референсы хоть мульён плагинов, это не просто допустимо, это так и должно быть, если в ней объявлены сущности, которые нужны каждому плагину.
так что добавь в References проекта каждого плагина phoenix и всё будет замечательно 
и сторонним разработчикам, если такие есть, отдай phoenix.dll, чтобы они могли его пользовать

в том то и проблема что версии phoenix разные  каждый plug in собирается в конкретный момент времени, соответственно для него собирается и phoenix.dll

те получается что plug in_ов много а вот phoenix как бы разделяемый и его актуальность надо как то отслеживать для каждого плагина

вот только если представить что у нас 50 ....2000 плагинов пересобирать все dll каждый раз замаешься

littletan, так не пересобирай phoenix!
Прицепи его ддл-кой к каждому проекту, чтобы даже не было мысли изменять код.

Если сильно припрет изменять код этого феникса, то это означает, что интерфейс, который он представляет, плох. Поэтому меняем этот интерфейс, но это вызовет перекомпиляцию всех плагинов сделанных до этого. 
Но это и хорошо: заставит сделать интерфейс наиболее гибким, либо не добавлять фич, которые требуют извратного интерфейса

а какая разница - пересобран феникс, или нет?
всё равно после его изменения все плагины, собранные раньше изменений, станут нерабочими.

но в целом согласен с ivashkanet. интерфейс - самая ответственная часть системы, такие вещи требуют серьёзного и вдумчивого подхода, т.к. после изменений (если потребуются), то обеспечен огроммный гемор с поддержкой плагинов старых версий.