Привет. Честно говоря всё уже перепробовал, поэтому надежда на помощь маленькая, но всё-таки напишу вопрос. 
Однажды по нужде копался в настройках ffdshow (может и ещё что-то трогал, теперь уже не вспомню), настроил, все прекрасно воркало. Через некоторое время обнаружил что плеера через один воспроизводят .flv. После возврата всех настроек на место, переустановок по умолчанию, установки различных версий кодеков (FLVSplitter + FLVDecoder@ffdshow) и т. д. и т. п. ничего не поменялось. Причем кодеки в системе видны, к ним прекрасно подключается и работает софт, некоторые плеера, их видят те самые плеера, которые перестали воспроизводить .flv (WMP и BSplayer).

Может кто сталкивался с чем-то подобным? Не криминальная проблема, но всё ж таки интересно.