Собственно, сколько не пытался делать задачек с использованием ajax, в конце выходил жудкий неуниверсальный велосипед. Поэтому решил подойти к вопросу более серьезно, то бишь продумать всё заранее.
Итак, имеется на стороне сервера Zend Framework, у клиента prototype.js + ExtJs. Задача: упростить, сделать более универсальной разработку в команде.
Допустим, имеется общий обработчик для response-объектов. Сам response - JSON'овский объект с полями status (набор флагов), script (дополнительный js-скрипт, формируемый на сервере), update (массив из id-элементов, которые надо обновить, и сами данные) и redirect (урл, куда-нидо редиректить (иногда нужен именно window.location.href, а не просто редирект через заголовки)). На стороне сервера существует простенький класс, который помогает этот response-объект сформировать. В принципе, для задач обновить какой-нибудь div - хватит. 
Но, как вы сами понимаете, задачи-то совсем разные бывають. И если мне надо не просто обновить содержимое div'a, а, скажем, изменить фон этого div'a, приходится использовать поле script в response-объекте. Выходит, в контроллере я занимаюсь измением дизайна, что совсем не гут. И никому не захочется лезть в application/modules/blog/controllers/indexController.php в строчку 250 чтобы изменить цвет с #cccccc на #cccccd. 
Ок, допустим я буду в этом script подключать другие скрипты. Например, как здесь: http://www.artlebedev.ru/tools/technogrette/js/include/. Но в этом случае FireBug выкручивает фигу и я не могу дебаггить подключаемые скрипты. А посколько я дурак, то мне без дебаггера тяжко.
Есть, конечно, ещё вариант - $script =  file_get_contents('мега-супер-скрипт.жыэс'); Теоретически, все довольны. Но как-то некрасиво выглядит.
Собственно говоря, что делать?

Тогда сделай из сервера только постовщика дынных. А почти всё бизнес логику и презентацию вынеи в код на строно клиента. Тогда сервер возвращает сигнал, что надо изменить фон, и ты уже через JS меняешь его на необходимый в зависимости от неких суловий. тогда у тебя всё будет в одном месте

Ну, тоже конечно вариант. Только вот сколько времени займет адаптация под разные браузеры

Нисколько. Ты же прототипом пользуешься.