Я откомпилировал приложение с помощью aspnet_compiler.exe и разместил его на том же компьютере, что и приложение с исходными файлами, но в другом виртуальном каталоге. При обращении к этому откомпилированному приложению выскакивает страница "Server Application Unavailable". А если обращаться к каталогу с исходниками, то все работает.
Как заставить работать откомпилированное приложение?

Поместить в GAC?

Эта ошибка обычно выскакивает из-за неправильных настроек IIS. Или в веб-конфиге... вроде. У меня давно не выскакивала 

ASP.Net-приложение в GAC???   Или лыжи не едут, или... или автор забыл чего-то написать? 

Я вот так и не понял, Bonus, ЧТО КОНКРЕТНО ты положил в виртуальный каталог? Файлы aspx+cs и все папки с содержимым? Тогда при наличии Default.aspx и... аааа! Вот! В свойствах каталога на вкладке "Documents" посмотри наличие "Default.aspx" в списке (добавь, если нет). Также посмотри версию ASP.Net. Нужно 2 с копейками (я полагаю). Это распространенные мелкие баги. Менее распространенные нуждаются в более подробном описании проблемы.

решил. с помощью мастера разраешений задал шаблон Public Web Site. непонятно только почему приложение в исходниках работает без этих настроек, а для откомпилированног нужно задавать этот шаблон...

Мда. Создал приложение с одной страничкой "Hello, world!", набрал

Создал виртуальный каталог test, с путем "c:\temp\MyMegaSite.release" и правами "read" и "run scripts".    http://localhost/test/ - все работает. Наверное, все-таки из-за правильных настроек IIS и виртуального каталога соответственно   

Но, кстати, про утилиту эту раньше не слышал. Прикольная утилита. Буду пользоваться.