Попалась в руки документация по функциям API. И там целый раздел "атомы". Функции типа AddAtom, DeleteAtom, а что это и для чего не понятно. Может кто объяснит

Насколько я знаю атом - совокупность строки и целого идентификатора. Таблица оных определена на уровне системы и может использоваться для различных целей, таких как обмен данными между приложениями. Чтобы не передавать строку, передается ее идентификатор. Также атомы могут использоваться для быстрого поиска сторки. Реализованы они с помощью хэш-таблиц.
К примеру, если в винде регестируется (RegisterClassEx(..)) окно, в таблицу кладется атом, и потом можно определить созданно окно такого типа или нет. В системе есть несколько таблиц атомов, каждая для своих целей - глобальная, к примеру, используется в DDE (dynamic data exchange), локальная - на уровне приложения.
Сам я их практически не использовал, просто интересовался, так что могу в чем-то ошибаться.

Не редко в программировании атом как термин используется для основных типов языка, т.е. в С атомами будут int, char и т.д. Но наверное то на что ты наткнулась есть нечто иное. Может Jcs прав, но никогда не слышал об этом.

Да похоже Jcs прав.
http://msdn.microsoft.com/library/default....tatomtables.asp

Там всё описано.