Собственно сабж, только несколько уточнений. Под никсами есть скрипт для первичного создания и инициализации базы mysql, а под виндой как? Только переустанавливать полностью mysql?

может, скажешь, зачем тебе это понадобилось?

Удалил однажды системные таблицы случайно...

Есть такая утилита - mysql_install_db. Как раз создаёт системную базу. Есть ли виндовая версия - не знаю, наверняка есть, потому что в коде встречал if'ы для винды.