Нужно написать программу для PC которая получала с ftp сервера прошивку с обновлением   и  кидала на контроллер Atmega 16  по UART.  Может кто подскажет где капать или есть исходники

Писал очень подобное - прогу которая прошивала по USB контроллер.
вашу задачку нужно поделить на несколько подзадач
- получения файла по фтп. тут много вариантов, например indy - idFTP
- кто будет заниматься собственно прошивкой. у меня например, передавалось 16 байт и контроллер сам себе в флеш писал, но у меня был STR 71x. C Atmega 16 я не работал. Хотя может быть и вариант, когда для данного контроллера уже есть готовый алгоритм, типа запиши такой байт - будет адрес, а потом такой- данные.
- выбрать протокол обмена, если прошивать будет контроллер сам себя.
- и на последок, хотя это решить надо в самом начале - как подключить железяку к компьютеру. потом можно будет решать какими компонентами/библиотеками пользоваться для доступа к UART

за такой заголовок банить надо на долго....