Есть батник find /N "error" c:\access.log>>c:\otchet.txt (выбирает из лога ерор и выводит в отдельнвй файлик)
1)на сайте делаю ссылочку на него и как мне сделать что бы результат открывался во фрейме или отдельном окне?

Надо что бы сервер его выполнил и отдал результат текстом  (ты ведь не думаешь, что левый батник с совершенно левыми файлами может исполниться у любого клиента ;-) ).
Для PHP есть proc_open, правда запрещена в safe-mode. Аналогичное есть для всех серверных языков. Можно также батник положить в cgi-bin, по идее сервер запустит его как perl подобное (не уверен).