Объесню задачу
Есть некий докумет (для наглядности возмем договор).

Как вы знаете в договоре есть поля которые (не статичны, а текст в нем один и тотже) можно вывести для заполнения их из формы.
Вы вбиваете в форму определеные поля (например:номер договора,фио,телефон...)
Они подставляются в определенные места в договоре, договор формируется и посылается на распечатку.
Вот я незнаю с чего начинать? вот у меня есть договор в расширеии .doc. Может его лучше в другом формате хранить или .Хоть что то можете посоветтовать как лучше сделать или реализховать это.

Если надо на Java такое сделать, то наверно doc не самый удачный формат. Может подумать в сторону какого-нибудь репортера типа Jasper - там вообщем можно нарисовать то, что надо.

Ну или посмотреть здесь - http://j-integra.intrinsyc.com/support/com...d_from_Java.htm
Как с Вордом работать из Java

Я делал что-то подобное но для Excel-а. Проще оказалось заполнение документа производить с помощью VB for Application или как там его правильно, а сервис на java пердоставлял xml (транспорт http) со всеми необходимыми данными.