Стоит задача, чтобы программа работала под разными виндами. Что для этого нужно? И чм одни винды, в этом плане, отличаются от других (пр: win2000 и Win98)

В принципе сматря что писать ;) Для "несистемных" прог в принципе проблем возникнуть не должно.
Но конечно ньюансов вагончик и маленькая тележка:
- UNICODE. Для 98-ой родная вещь это multibyte; для 2000 - UNICODE.
98 unicode не поддерживает и такая порга под ней работать не будет. 2000-ая вызывает дополнительные функции и преобразовует multibyte в unicode.
- если пользуешся API функциями то обращай внимание под какую винду как надо заполнять поля ( это про секьюрити дескрипторы и т.п.)
- права пользователя под которым будет запускаться прога. Для 98-ой это конечно проебом, а вот 2000 ..... Тут она тебе (твоей проге) может просто не позволит с правами пользователя (если под ним была запущена прога) записать в реестр HKEY_LOCAL_MACHINE. Ну и т.п.

И ещё много, много, много другого. Но опять же, всё упирается в то что ты будеш писать...

да, много всего, а что касается различных библиотек, нужно просто брать и пробовать.