Ситуация следующая:

На Linux Debian работает SSH сервер, 
нормально конектился через Putty.

Одновременно зашел с 2-х копий Putty на сервер, заменил 1 пользовательский файл, который самже и скопировал ранее.
Затем закрыл оба сеанса.

Через 5 минут опять конекчусь - ВСЕ не пускает, даже запрос логина не выводит, но при этом ping нормально идет и все интернет сервера, работающие на данном компе тоже работают, а вот через SSH не пускает.

Позвонил провайдеру попросил чтобы перезагрузили сервак - не помогло.

Вобщем понял в чем проблема,
Оказывается програмуля - которую я правил начаоа запускаться при старте системы и блокировала дальнейшую загрузку (ждала нажатия клавиши).

Отсюда собственно возникает вопрос, в каком уровне автозагрузки прописать программу, чтобы она
запускалась в последнюю очередь при старте системы и перед входом пользователя в систему.

0 — остановка системы; 
1 — однопользовательский режим; 
2 — многопользовательский режим без запуска процессов сервера; 
3 — многопользовательский режим с запуском процессов сервера; 
4 — не используется; 
5 — многопользовательский режим с запуском процессов сервера и XWindow; 
6 — перезагрузка системы.

Все просто. Запускайте вашу программу из /etc/rc.local , а не скриптом стоп/старта сервисов (/etc/rcX.d). Скрипт /etc/rc.local выполняется в самую последнюю очередь при переходе во 2-й, 3-й, 4-й или 5-й runlevel.

попробую