Имеются приложения, которые могут общаться по определенному протоколу, через сообщения.
Происходит это так, мое приложение должно отправить через PostThreadMessage, сообщение главному потоку другого приложения, в wParam которого id потока моего приложения(который потом будет принимать ответ), другое приложение, должно мне отправить сообщение, опять-же потоку, через PostThreadMessage. 

приложения реализуют такой протокол,
в WinMain, в цикле обработки сообщений:



со стороны моего приложения происходит следующее:
когда мне нужно получить параметр я через CreateToolhelp32Snapshot, отправляю всем потокам того приложения сообщение, потом жду когда придет ответное сообщение...
потом я его получаю, обрабатываю и тд...
проблема в том,, что иногда сообщение назад не возвращается... такое случается редко, но случается...
теперь вопрос
можно-ли как-то определить, какой из потоков приложения является основным, то-есть был создан первым и обрабатывает сообщения, и почему сообщение может не прийти?

Lazin, немного непонятно  

Оба приложения работают по схеме, что ты привел?

В приложениях несколько потоков? Ты говоришь, что отправляешь всем потокам другого приложения сообщение. Но должен обработать его только главный поток другого приложения? Поясни, пожалуйста.

Можно конечно перебрать все потоки, получить время их создания и сравнить  Но, я думаю, что первый поток - это тот, который вернёт тебе Thread32First. Попробуй. 

зуб даю.