Может кто сталкивался с задачей оптимизации настроек MySQL.
Скрипт, генерирующий таблицу в БД на хостинге выполняется 1-2 сек., а на локальной машине - 10-20 сек. При этом видно, что загружена конкретно файловая система. Может быть можно изменить какие-то настройки работы MySQL, чтобы оптимизировать его работу?

Может быть. Но настройки меняют не о балды методом тыка, а осмысленно - выясняя, что именно тормозит, и именно это и настраивая.

Судя по всему, тут не настройки виноваты, а запросы кривые