Как можно средствами .htaccess сделать врезку/замену кода в страницах, которые выводятся пользователю.

Например как на фришных хостингах, который дописывают свой банерный код как в конце страницы, так и более осмыслено перед тегами </body></html> или после <body>.
При поиске двух тегов надо учитывать символы которые могут быть между ними (пробелы и т.д.)

Неужели никто не поможет.

Читаем мануалы по AddHandler и Action. Точнее, тому, как с помощью этих директив перекинуть обработку запроса на свой CGI скрипт.
Или копаем в сторону создания своего модуля для httpd, если производительность критична.