Помогите с выключением жеского диска (остановка), не всех установленных, а по выбору.
  Очевидно это делаетса с обращением к биосу.  Ктонибуть сталкивался?   

Ты под какую ОС пишешь?

Форточки -  99,9(9)%

да Win XP,  думаю без обращения к биус не обойтись. пока не нашел инфо. 

из защищенного режима обращаться к БИОС нельзя. Он написан для реального режима процессора, поэтому в защищенном работать не будет.
В операционных системах подобного типа для доступа к аппаратуре используются драйверы. Только драйвер вправе как-то влиять на поведение железной составляющей компьютера.
За отключение жесткого диска отвечает контроллер. Для всех контроллеров существуют драйвера. Раз Windows умеет сама отключать диски в следствие долгого неиспользования, то логично предположить, что драйвера поддерживают эту функцию. Осталось только узнать, что это за функция. Уверен, что google тебе сможет помочь в этом вопросе.