То есть требуется следующее: найти все случаи использования некоего класса WrongClass и заменить его на GoodClass.
С первой частью задачи(поиском) справляется References, а как быть с заменой?

Если бы,  допустим, я переименовал WrongClass в GoodClass через refactor->rename, то все ссылки изменились бы автоматически, 
но GoodClass уже существует.

Я бы использовал File Search

В принципе,  можно.  Но дело в том, что имя неугодного мне класса User,  а угодного SyUser.
То есть все User надо заменить на SyUser.  И не получить при этом такого: SySyUser.
Можно конечно задать регексп типа такого: [^Sy]{2}(User),  где группа в скобках это искомое слово. 
Но eclipse не умеет работать с группами в регулярных выражениях(по принципу группа 1 это весь регексп, группа 2 это то, что в скобках, то  есть User).

В общем,  было бы лучше, если бы eclipse мог это делать на уровне рефакторинга, а не просто редактирования текста.

Похоже руками придётся.

Помоему вся проблема решается несколькими переименованиями классов и одним рефакторингом refactor->rename;  

Ну в общем, если не вдаваться в подробности, она решилась одним удалением класса и одним рефакторингом refactor->rename.
Ну и кое что все-таки руками пришлось.